Par leurs concentrations en produits actifs, les huiles essentielles sont des substances très réactives et potentiellement dangereuses ; elles doivent être utilisées avec beaucoup de précaution surtout par voie buccale.
Elles peuvent être responsables de réactions toxiques en cas de mauvaise utilisation.

Pendant la maturation du système nerveux les huiles essentielles sont contre-indiquées. Ainsi pendant la grossesse, l’allaitement et chez l’enfant de moins de 3 ans, elles ne devraient pas être employées.

Dans une recommandation à l’adresse des industriels producteurs d’huiles essentielles et fabricants de produits cosmétiques, l’Afssaps a souligné que le respect des critères de qualité spécifiques à chaque huile « a un retentissement sur la qualité du produit, en particulier sur son innocuité ».

L’Afssaps insiste en particulier sur les « critères qualité des matières premières végétales d’où sont issues les huiles essentielles » c’est-à-dire sur la dénomination botanique, les conditions de production de la plante, la partie de plante utilisée, la famille chimique et la méthodes d’identification de la partie de plante destinée à la production de l’huile essentielle.

Des normes concernant le mode d’obtention de l’huile, les méthodes d’analyse et les conditions de conservation et de stockage de ces produits doivent également être respectées.