La classification classique du vivant en deux groupes (végétal et animal) a évolué pour aboutir à la constitution en cinq groupes.
En biologie, la classification divise le monde vivant selon cinq règnes :

• les procaryotes : bactéries et archéobactéries
• les protistes : caryotes unicellulaires
• les champignons : eucaryotes multicellulaires
• les végétaux : eucaryotes multicellulaires
• les animaux : eucaryotes multicellulaires

Cette classification met en valeur qu’au cours de l’évolution cellulaire des organismes vivants, il s’est produit une coupure fondamentale qui distingue 2 groupes :

• le groupe des procaryotes , qui sont des êtres unicellulaires et dont le matériel génétique est libre dans le cytoplasme de la cellule.
  Les procaryotes constituent le premier règne.
• le groupe des eucaryotes .
  Tous les autres organismes, du plus petit au plus gros, sont appelés des eucaryotes. Leur matériel génétique est donc à l´ntérieur d´une structure interne, le noyau ; ils possèdent toutes une série d´organites cellulaires et la multiplication cellulaire se produit par mitose un phénomène complexe. Enfin ils présentent souvent une reproduction de type sexuée.
  Les eucaryotes peuvent être soit unicellulaires, soit pluri-cellulaires.
  Les eucaryotes unicellulaires sont appelés des protistes et constituent le second règne.

Enfin, les eucaryotes pluricellulaires constituent les trois règnes suivants, ce sont :

• les champignons,
• les métaphytes (végétaux chlorophylliens),
• les métazoaires (animaux pluricellulaires, dont les vertébrés et les mamifères).

Classification phylogénétique

Dans la deuxième moitié du XXe siècle est apparue l’approche phylogénétique dont le critère fondamental du choix de la classification est qu’elle doit refléter strictement la phylogénie, c’est-à-dire la généalogie du vivant . Le fondement même de cette classification repose et est la conséquence de la théorie de l’évolution.

Règne végétal

On classe généralement les plantes en trois embranchements :

• les cryptogames
  Ils représentent l’ensemble des plantes dépourvues de phanères (c’est à dire d’organes voyants) liés à leur sexualité (on dit que leur sexualité est cachée). Il en résulte que ce sont des plantes sans fleurs. Les cryptogames se décomposent en trois sous-embranchements :
• les caulophytes vasculaires ou ptéridophytes
• les caulophytes cellulaires ou bryophytes
• les thallophytes.

• les préphanérogames, intermédiaire entre les cryptogames et les phanérogames.
• les phanérogames ; ce sont les plantes à fleurs.
  Aussi appelés Spermaphytes ou Spermatophytes, les phanérogames représentent l’ensembles des plantes qui se reproduisent par l’intermédiaire de fleurs et de graines. Mais c’est surtout par l’élaboration de ces graines que ce groupe se distingue des autres.
  On distingue 3 classes de phanérogames :
• Les Gymnospermes
• Les Angiospermes
• Les Chlamydospermes

• Les Gymnospermes
  Plantes dont les graines ne sont pas enfermées dans un fruit. Les gymnospermes constituent un groupe intermédiaire entre les Cryptogames Ptéridophytes et les Angiospermes. On distingue deux embranchements  :
  • Les Cycadophytes (Mégaphyllinées) (plantes fossiles essentiellement)
  • Les Coniférophytes (Microphyllinées) (Plantes de grandes tailles dont les feuilles ressemblent souvent à des aiguilles.)
    Les coniférophytes ont trois sous-embranchements  :
    • [Cordaitales] Plantes fossiles du Primaire.
    • Ginkgoales (Gingko biloba)
    • Coniférales (Conifères) (Abies, Tsuga, Pseudostuga, Cupressus…)

• Les Angiospermes Plantes dont les graines sont enfermées dans une cavité close, le fruit. Ici, les carpelles de chaque fleur sont plus ou moins soudés entre eux et l’ensemble est fermé et constitue le pistil ou gynécée de la fleur, avec, à l’intérieur, le ou les ovules. De plus, le développement de la microspore se limite à la formation d’une seule cellule nouvelle, la cellule générative, qui correspond à la cellule-mère de l’anthéridie chez les Gymnospermes ; elle possède un noyau reproducteur qui se divise en deux gamètes mâles, toujours dépourvus de cils.
  Les Angiospermes sont divisés en deux sous-groupes :
  • Les Monocotylédones  : Plante dont les graines possèdent une plantule à un seul cotylédon, dont les feuilles ont des nervures parallèles et dont les fleurs ont une symétrie d’ordre 3. [1]On distingue :
    — Fleurs hypogynes
    — Apocarpées (fluviales)
    — Spadiciflores
    — Glumacées
    — Liliiflores (dont font partie les Liliacées)
    — Fleurs épigynes
    — Albuminées
    — Exalbuminées (Orchidées)

• • Les Dicotylédones . Cet ensemble peut être divisé en trois groupes : celui ayant des fleurs à pétales séparés (dialypétales), celui à pétales soudés (gamopétales) et celui dont les espèces n’ont pas de pétales (apétales). L’une des plus importantes familles parmi les dialypétales est celle des renonculacées (clématite, anémone, ellébore, renoncule), dont les espèces, très dissemblables, ont des étamines extrêmement nombreuses.
    — Apétales (unisexuées et hermaphrodytes)
    — Dialypétales
    — Thalamiflores Polystémones
    — Thalamiflores Méristémones (dont les Violacées)
    — Disciflores Diplostémones
    — Disciflores Isostémones
    — Caliciflores Périgynes
    — Caliciflores Epigynes Polystémones
    — Caliciflores Epigynes Diplostémones
    — Caliciflores Epigynes Isostémones
    — Gamopétales
    — Hypogynes Diplostémones (Dont les Primulacées)
    — Hypogynes Isostémones (dont les Apocynacées, les loganiacées, les solanacées)
    — Epigynes Isostémones (dont les Cucurbitacées) Classification APG (classification phylogénétique des angiospermes) Concerne uniquement les Angiospermes. Correspond à la classification la plus récente, basé sur l’étude génétique.

Quelques exemples de changements de la nouvelle classification phylogénétique par rapport à la classification traditionnelle :
Tous les ancêtres des dinosaures sont aussi des ancêtres des oiseaux, ce qui amène à considérer ceux-ci comme les descendants d’un groupe de petits dinosaures volants vivants au crétacé. (Le concept de "reptile" est abandonné.)
Relation entre oiseaux et dinosaures. Pour certains auteurs, le velociraptor est considéré comme plus proche des oiseaux que le tyranosaure, et ce dernier est considéré plus proche des oiseaux que du diplodocus.
Les plus proches parents des cétacés seraient les hippopotames. (Le concept d’"artyodactyles" est abandonné.)
Les plus proches parents vivants des oiseaux sont les crocodiles.
Les poissons osseux sont plus proches des mammifères que des requins. (Le concept de "poisson" est abandonné.)
L’ancien groupe des "algues" explose en tous sens, certaines étant groupées avec les plantes vertes, d’autres avec les bactéries.
Le concept de "protiste" est abandonné, au profit de groupes pouvant mélanger êtres multicellulaires et monocellulaires (par exemple les straménopiles regroupent les algues brunes —dont les kelp, jusqu’à 60 m de long— et les diatomées unicellulaires).
La division entre Procaryotes et Eucaryotes est abandonnée, au profit de la division en trois du vivant.