Le colon est divisé en deux parties selon le type de flore bactérienne : on parle de fermentation protéolytique et de fermentation saccharolytique. Ces deux filières métaboliques sont dues à l’activité bactérienne intestinale. PLus généralement on parle de fermentation pour le métabolisme des glucides et de putréfaction. pour le métabolisme des protéines.
La fermentation bactérienne concernant les glucides prédomine dans la première partie du colon. Le pH est normalement de 5,9 et la production d’acides gras à chaîne courte est de l’or La putréfaction concerne la dégradation des protéines et donne des indols, des phénols et de l’ammoniaque. L’analyse de la flore des féces reflète la composition du gros intestin et le type de régime alimentaire.

La flore intestinale comprend en outre des bactéries à activité sulfato-réductrices qui s’attaquent aux sulfates, sulfites thiosulfates et nitrates et méthanogènes qui métabolisent l’hydrogène, les lactates, l’éthanol..

Ce tableau reflète les principaux genres bactériens.
Un déséquilibre entarinera des troubles fonctionnels (dysbiose). Le déséquilibre est souvent du au régime alimentaire (excès de protéines ou de glucides).
Un excès de sucre entrainera une prolifération des germes glucidolytiques et en particulier des levures comme le Candida albicans.

La dysbiose peut être donc prépondérante au niveau du segment de la putréfaction (colon gauche) ou de la fermentation(colon droit).